I programmi di dottorato presso CEU sono programmi di studio interamente finanziati con una durata standard di 4 anni che rilasciano un titolo statunitense e uno austriaco. Il programma di dottorato non ha percorsi separati di sociologia e antropologia: entrambe le discipline sono integrate. Gli studenti sono incoraggiati a condurre ricerche empiriche utilizzando un'ampia varietà di metodologie, tuttavia, viene data priorità agli approcci teoricamente informati che abbracciano un'ampia agenda intellettuale.